清华经济学系始建于1926年，在陈岱孙先生等一批同仁的努力下，在很短时间内迅速成为国内最好的经济学系之一。1952年在院系调整中，清华经济学系被并入其他大学。清华大学在1979年成立经济管理工程系，在1984年成立经济管理学院，同时复建经济系。作为老清华经济学系延续而成立的清华大学经济管理学院，在32年的历程中取得了令人瞩目的发展，并在继续努力创造辉煌。
老清华的经济学系
1925年9月，清华学校设立大学部，开始招收本科生。1926年4月26日，清华学校评议会决定在大学部设立包括经济学系在内的17个系。清华经济学系第一任系主任由朱彬元担任。清华经济学系自建系之初课程就分设“经济”和“商学”两组，并设立目标为“造就人才、改良社会经济组织、发展国民经济能力”。
1928年，清华学校更名为国立清华大学。同年，美国哈佛大学博士陈岱孙出任经济学系系主任，推动清华经济学系进入一个快速发展的时期。1936年，陈岱孙在《清华周刊》上发表文章，介绍经济学系概况，强调“理论、事实及技术三者兼重，乃本系培植人才之主旨”。遵循这样的方针，清华经济学系开设了经济学概论、货币银行学、财政学等课程，并兼顾应用性的会计、统计、国际汇兑及财政算学等。1930年还成立经济学研究部。使清华经济学系成为战前走在全国前列的经济学系。
抗日战争期间，清华与北大、南开三校经济学系联合组成国立西南联合大学经济学系，在烽火硝烟中培养出大批杰出人才。1946年，清华大学迁回，经济学系恢复，之后在1952年全国高等学校院系调整期间，清华大学经济学系被并入其他大学。
从1926年到1952年，清华老经济学系在26年中共有毕业生1524人，占老清华全部毕业生的20%，在全校各学系中最多，也居全国经济学系的前列。
老清华经济学系群英荟萃，人才辈出。长期担任系主任的陈岱孙先生是我国经济学界一代宗师。刘大中、王亚南、萧蘧、陈锦涛、戴世光、伍启元、徐毓枬等知名学者曾任教于此。从这里走出了巫宝三、杨联升、陈舜礼、刘国光等一大批经济学栋梁之才。
改革开放后的清华经济系
清华大学的经济管理学科在改革开放大潮中得以重生。1979年清华大学经济管理工程系成立，董新保任系主任。建系初期，经济管理工程系在教学方面三年走出三大步：1979年夏，招收了研究生16名，人数之多为国内工科院校之首；1980年，招收管理科学与工程专业首届本科生31名，是国内首个创设此专业的院系；1981年，受国家经委委托举办经济管理干部研究班，对国内大企业和管理机关的在职干部进行培训，许多人毕业后成为国有企业领导骨干。
1984年5月19日，清华大学举行经济管理学院成立大会。这是清华大学自1952年院系调整之后建立的第一个按照学科划分的学院，朱镕基出任首任院长。
同年，清华经管学院设立经济系，董新保任系主任。1985年9月，经济系开始恢复本科教育，招收两个国民经济管理专业本科班。1990年，李子奈教授担任第二任系主任，在他的带领下，确立了“建设高水平数量经济学学科，带领经济系的学科发展”的目标。清华大学在1993年和1998年先后获得数量经济学硕士和博士学位授权点。2001年申请数量经济学国家重点学科并获通过,成为国内第一批数量经济学重点学科。2003年,又获得政治经济学博士学位授权点。
随着包括本科、硕士、博士和国家重点学科的系列学科点建设，清华经管学院经济系的发展进入新阶段。引进高水平师资，完善学科布局，改革人才培养机制，开展国际学术交流，以及建立学术和政策研究平台，成为新目标。为了加强师资队伍建设，2002年清华经管学院实行特聘教授聘任制度。经济系引进15位特聘教授，经济系学术带头人队伍迅速加强。同时，还加大从国外引进年轻教师的力度，形成了一个国际化、高水平的师资梯队。2006年开设经济学第二学士学位项目，深受清华学生欢迎。同时，改革并完善了博士生培养机制，为国家培养更多经济专业研究人才。学院相继成立中国经济研究中心、中国与世界经济研究中心、中国财政税收研究所和中国经济社会数据中心等，推动理论研究和应用研究共同发展。并举办清华宏观经济学研讨会等多个影响广泛的国际学术会议，其中一些已经成为具有品牌效应的长期活动。这一期间，经济系还获得了包括国家社会科学基金重大项目等一系列国家级科研项目，并在学术研究上屡获嘉奖。
建设世界一流的经济系
从1926年成立到1952年院系调整，老清华经济学系共26年；从1984年复建迄今，新清华经济系共32年。从1952年到1984年，经济系并入他校，系的建制虽然中断了32年，但是经济学的教学从未间断，从这个意义上来说，清华经济系的90周年一以贯之、一脉相承。
2016年，是清华经济学系建系90周年，也是清华大学建校105周年。清华经济管理学人将继续努力，为社会造就一批批经世济民的栋梁之才，并努力把清华经管学院建设成为世界一流的经济管理学院，把清华经济系建设成为世界一流的经济系。