李子奈老师在一次接受采访时介绍说：“我从1990年2月担任经济系系主任，一直到2005年1月，正好15年，一个月都不差。在这15年里，除了日常工作，我主要做了一件事，即与大家一起，建立了经济学系列学科点。”
李子奈老师刚接手经济系系主任时，学院还没有经济学的硕士点、博士点，仅有的本科专业也是以国民经济管理专业进行学生培养，而且从1989年开始停止招生。没有系列学科点，就无法进行各个层次的经济学人才的培养。于是，建立系列学科点成了李子奈老师作为系主任需要进行的最急迫的工作。
李子奈教授（摄于2003年）
经济学领域很宽，学科点建设从哪里入手？经过广泛的调研和讨论，在学校和学院领导的支持下，确立了“从具有发展前景和自身优势的专业进入，建设有特色的经济学科”的指导原则。清华经济系在数量经济学方向具有优势，而且她正在成为中国经济学科的一个新的生长点，于是选择数量经济学专业首先进入。1993年8月，以李子奈、董新保、黎诣远、张金水等作为学术带头人，申请数量经济学硕士学位授权点获得批准，这是清华大学第一个经济学硕士点。1997年，经济学专业本科正式招生，制订了现在看来仍然是比较先进的培养计划，标志着经济系在本科教育领域进入国内经济学教育的主流。1998年8月，以李子奈、张金水、杨炘、陈章武等作为学术带头人，申请设立了数量经济学专业博士点，这是清华第一个经济学博士点。同年，学院把李子奈1995年开始以管理学科技术经济专业招收的博士生转到数量经济学专业，1999年，现经济系教师钟笑寒成为清华大学自己培养的第一位经济学博士。
2001年2月，数量经济学专业博士点通过国家重点学科评审，成为全国首批两个数量经济学国家重点学科之一。同时，以数量经济学博士点为依托，在学院内先后设立了西方经济学、政治经济学、金融学、国际贸易学硕士点；并于2003年以魏杰、吴栋为主要学术带头人，联合人文社科学院申请设立了政治经济学博士点；应用经济学博士后流动站也于2003年建立。至此，一个较为完整的经济学科人才培养体系基本形成，也为获得理论经济学和应用经济学一级学科博士点创造了条件。2004年，白重恩、李稻葵全时加入经济系，2005年，理论经济学和应用经济学两个一级学科博士点通过自行增列评审，并于2006年获得国务院学位委员会批准，清华成为为数不多的同时具有经济学门类中两个一级学科博士学位授予权的学校之一。
李子奈老师在总结那段工作时说：“高水平的经济学系列学科点的建设，是学院培养各个层次的经济学人才最基础的条件。如果说我和同时期的老师们对学院发展做了什么奠基性的工作，这可以算是一件。”